SYSDO je navrženo tak, aby bylo kompatibilní s většinou mzdových systémů na českém trhu. Přímo v systému jsou připraveny formáty pro export do systému Pohoda (Pamica). Pro ostatní systémy, jako jsou Money S3, Vema, Helios, Premier či ABRA, využívá SYSDO univerzální konfigurovatelný export (CSV, XML). Ten lze snadno nastavit tak, aby struktura dat přesně odpovídala požadavkům vašeho mzdového programu.
